二号开始工作，后来才说按钉钉打卡考勤发工资，那么导致被扣工资合法吗？

无缘无故扣员工工资是犯法的。劳动者和用人单位建立劳动关系,用人单位不得非法对劳动者进行罚款,用人单位非法克扣劳动者的工资属于违法行为,企业以罚款条数来扣绩效工资是不合法的。工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。法律依据：《中华人民共和国劳动法》第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。第九十一条用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
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若劳动者劳动合同中的违约情况，有可能会被扣工资，扣工资是否合法需要结合实际情况而定。
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用人单位拖欠或克扣工资，劳动者可以向劳动监察大队投诉或者直接申请劳动仲裁维权。维权时应注意收集整理必要的证据，如工作服、工资条、工牌证人等。